Sekvenləşdirmə — DNT və ya RNT-də nukleotidlərin dəqiq ardıcıllığını müəyyən edən metoddur; insanın, şişin və ya mikroorqanizmin genlərində mutasiyaları tapmağa imkan verir.
Sinonimlər: DNT sekvenləşdirməsi
Sekvenləşdirmə genetik mətnin hərf-hərf «oxunmasıdır»: metod DNT sahəsində nukleotidlərin (A, T, G, C) sırasını müəyyən edir. Alınmış ardıcıllığı etalonla müqayisə edərək laboratoriya nukleotidlərin əvəzlənmələrini, əlavələrini və düşmələrini tapır. Klassik Sençer metodu ayrı-ayrı fraqmentləri etibarlı oxuyur; yeni nəsil sekvenləşdirmə (NGS) isə milyonlarla fraqmenti paralel təhlil edir ki, bu da gen panellərini, ekzomu və ya bütün genomu öyrənməyə imkan verir.
Nə üçün təyin edilir
- namizəd gen məlum olduqda irsi xəstəlik diaqnozunun təsdiqi;
- xəstədə mutasiya tapıldıqdan sonra onun qohumlarda axtarışı (Sençer üzrə hədəfli sekvenləşdirmə);
- hədəf preparatların seçilməsi üçün şişdə mutasiyaların aşkar edilməsi;
- bakteriya və virusların növünün, onların dərmanlara davamlılığının təyini;
- digər metodlarla alınmış nəticələrin təsdiqi.
Hazırlıq
Material məqsəddən asılı olaraq seçilir: EDTA-lı sınaq şüşəsində venoz qan, tüpürcək, biyoptat və ya şişin parafin bloku, yaxma. Ac qalmaq tələb olunmur. Qan köçürmələri və transplantasiyalar barədə həkimə məlumat vermək vacibdir. İcra müddəti bir fraqment üçün bir neçə gündən ekzom üçün bir neçə həftəyə qədərdir.
Normalar
Referens ardıcıllıqdan klinik əhəmiyyətli fərqlərin olmaması norma sayılır. Tapılmış variantlar beynəlxalq HGVS nomenklaturası üzrə təsvir olunur və patogenlik dərəcəsinə görə təsnif edilir. Keyfiyyət oxunma dərinliyindən və lazımi sahələrin əhatəsindən asılıdır; bu parametrləri laboratoriya göstərir və onlar metodlar və mərkəzlər arasında fərqlənir.
Kənarlaşmaların səbəbləri
Aşkar edilmiş variant irsi mutasiya, yeni de novo mutasiya, şişin somatik mutasiyası və ya zərərsiz fərdi polimorfizm ola bilər. Metodun məhdudiyyətləri var: Sençer sekvenləşdirməsi iri delesiya və duplikasiyaları zəif aşkar edir, NGS-in qısa oxunuşları isə təkrarlanan ardıcıllıqlar və oxşar psevdogenlərlə çətin işləyir. Buna görə mənfi nəticə genetik səbəbi həmişə istisna etmir. Tapıntının əhəmiyyətini genetik klinik mənzərəni və ailə tarixçəsini nəzərə alaraq qiymətləndirir.
